| This is an old, no longer maintained version of the website, for new one please visit: http://gsn.io.gliwice.pl |
|
|
|
|
|
|
||||
            |
 |
Gliwice Scientific Meetings 2005 18-19 November 18-19 November Leśny Hotel, 137 Toszecka Str. Friday, 18th November Framework program 10.00 - 10.15 Opening ceremony and congratulation to Professor Mieczysław Chorąży 10.15 - 11.15 Session I 11.15 - 11.30 Coffee break 11.30 - 13.00 Session I cont. 13.00 - 14.00 Lunch break 14.00 - 16.00 Session II 16.00 - 17.00 Poster session I: poster viewing and coffee break 17.00 - 19.00 Session III 20.00 - Social events/party Program details 10.00 - 10.15 Opening ceremony and congratulation to Professor Mieczysław Chorąży 10.15 - 11.15 Session I: Structure and Function of the Genome, Epigenetic Mechanisms William T. Garrard - UT Southwestern Medical Center, Dallas: Mechanisms of activation and silencing of the immunoglobulin kappa locus Andrzej Jerzmanowski - Institute of Biochemistry and Biophysics, Polish Academy of Science, Warszawa: Chromatin remodeling and linker histones in plant development 11.15 - 11.30 Coffee break 11.30 - 13.00 Session I cont. Sergey Razin - Institute of Molecular Biology, RAS, Moscow: Assembly of nuclear matrix - bound protein complexes involved in non-homologous end joining is induced by inhibition of DNA topoisomerase II Harry Sherthan - Institute of Radiobiology (Bundeswehr), Muenchen: Satellite DNA, meiotic telomeres Jan Barciszewski - Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Poznań Diagnosis and therapy of brain tumors 13.00 - 14.00 Lunch break/poster viewing 14.00 - 16.00 Session II: Response to Stress and Alterations of Genome and Transcriptome in Cellular Pathology Lise Lotte Hansen - University of Aarhus, Aarhus: Genomic instability of the HCP region in somatic breast cancer Ryszard Oliński - Nicolaus Copernicus University, Bydgoszcz Clinical significance of oxidative DNA damage Krzysztof Szyfter - Institute of Human Genetics, Polish Academy of Sciences, Poznań Progression of head and neck cancer studied by molecular cytogenetics Stanisław Cebrat - University of Wroclaw, Wrocław, The role of crossing-over in the computer simulated populations 16.00 - 17.00 Poster session I: poster viewing and coffee break Session III: Protein Sciences in Biology and Medicine Alfred Pingoud - Justus-Liebig-Universitaet, Giessen, Germany: Engineering of meganucleases Janusz M. Bujnicki - International Institute of Molecular and Cell Biology, Warszawa Protein structure prediction by combination of fold-recognition and de novo holding Jerzy Ostrowski - MSC Cancer Center and Institute of Oncology, Warszawa: Strengths and limitations of microarray - and mass spectrometry-based methods in clinical research 20.00 - Social events/party Saturday, 19th November Framework program 9.00 - 10.10 Session III cont. 10.10 - 10.20 Coffee break 10.20 -12.15 Session IV 12.15 - 13.15 Lunch break 13.15 - 14.15 Poster session II: reports and discussion 14.15- 14.30 Closing remarks Parallel Events (in Polish): in Institute of Oncology (15, Wybrzeze Armii Krajowej): - Satellite Symposium "Nowe Leki i strategie terapeutyczne we współczesnej onkologii" in Silesian University of Technology (16, Akademicka Str.): - Biostatystyka i Bioinformatyka - Warsztaty Program details 9.00 - 10.10 Session III cont. Michał Dadlez - Institute of Biochemistry and Biophysics, Polish Academy of Science, Warszawa, Application of mass spectrometry for the studies of proteomes Krzysztof Puszyński - Silesian University of Technology, Gliwice Logical analysis of proteomic data Marcin Pacholczyk - Silesian University of Technology, Gliwice Some algorithms of molecular docking 10.10 - 10.20 Coffee break 10.20 - 12.15 Session IV: Therapeutic Strategies and Mathematical Models in Contemporary Oncology Pedro de Campos-Lima - Laval University, Quebec New strategies in therapy of virus- caused tumors Marek Łoś - University of Manitoba, Winnipeg Apoptin - a novel, cancer-selective killer Andrzej Świerniak, Grzegorz Gala - Silesian University of Technology, Gliwice Antiangiogenic therapy as a control problem Philippe Getto (Silesian University of Technology, Gliwice A simple mathematical model for cell signaling in radiation experiment Piotr Czerski (IBB PAN -OLIGO.PL): Sekwencjonowanie i synteza DNA (7 min.) 12.15 - 13.15 Lunch break 13.15 - 14.30 Poster session II (reports, discussion) and closing remarks Sympozjum satelitarne: NOWE LEKI I STRATEGIE TERAPEUTYCZNE WE WSPÓŁCZESNEJ ONKOLOGII Moderatorzy: Czesław Radzikowski, Stanisław Szala 9.00-9.20 Piotr Wysocki (Akademia Medyczna, Poznań): Efekt przeciwnowotworowy kaptoprilu - druga strona medalu 9.20-9.40 Elżbieta Pajtasz-Piasecka (Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN, Wrocław): Aktywność przeciwnowotworowa szczepionki na bazie komórek dendrytycznych transdukowanych genami mysiej IL-12 lub IL-2 u myszy z zaawansowanym nowotworem MC38 9.40-10.00 Dominika Nowis, Marcin Makowski, Tomasz Grzela, Ewa Wilczek, Grzegorz Wilczyński, Magdalena Legat, Józef Dulak, Alicja Józkowicz, Mariusz Adamek, Tomasz Stokłosa, Marek Jakóbisiak i Jakub Gołąb (Warszawska Akademia Medyczna, Warszawa) Badanie mechanizmów niszczenia komórek nowotworowych przez terapię fotodynamiczną oraz próby potęgowania jej efektywności 10.00-10.20 przerwa 10.20-10.40 Danuta Duś (Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN, Wrocław) Białka oporności wielolekowej w komórkach macierzystych krwi 10.40-11.00 Maciej Ugorski (Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN, Wrocław) Wykorzystanie RNAi do hamowania ekspresji glikozylotransferaz 11.00-11.20 Joanna Wietrzyk, Magdalena Rybak, Andrzej Kutner, Adam Opolski (Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN, Wrocław) Toksyczność nowych analogów witaminy D i ich aktywność in vitro w terapii kombinowanej z cytostatykami w modelu raka gardła 11.20-11.40 Katarzyna Szczaurska, Krystyna Dąbrowska, Janusz Boratyński, Beata Weber-Dąbrowska, Andrzej Górski i Adam Opolski (Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN, Wrocław) Aktywność przeciwnowotworowa bakteriofagów w terapii skojarzonej z cytostatykami 11.40-13.00 przerwa/obiad 13.00-13.20 Janusz Boratyński (Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN, Wrocław) Koniugaty metotreksat - nośnik - właściwości chemiczne i biologiczne 13.20-13.40 Aleksandra Rusin, Zbigniew Jedliński (Centrum Onkologii, Gliwice) Przeciwnowotworowe i przeciwzapalne właściwości nowych koniugatów niesteroidowych leków przeciwzapalnych i oligomerów 3-hydroksymaślanu 13.40-14.00 Tomasz Cichoń, Ryszard Smolarczyk, Aleksander Sochanik, Stanisław Szala (Centrum Onkologii, Gliwice) Kombinacja cyklofosfamidu z cytokinami indukowanymi przez sekwencje CpG DNA w hamowaniu wzrostu doświadczalnych przerzutów czerniaka B16(F10) w płucach myszy 14.00 koniec konferencji Warsztaty z biostatystyki i bioinformatyki Organizatorzy: Jacek Leluk (lCM, Warszawa) i Andrzej Polański (Politechnika Śląska, Gliwice) 9.00 - 10.30 Wykład I: Narzędzia bioinformatyczne i ich stosowanie 10.30 - 11.00 Przerwa na kawę 11.00 - 12.30 Wykład II: Genomika białek 12.30 - 13.00 Przerwa na kawę 13.00 - 14.15 Warsztaty: Korzystanie z baz danych (prowadzący - dr hab. Jacek Leluk) Program ramowy warsztatów: Problem oszacowania stopnia istotności homologii białek i sekwencji nukleotydowych; Algorytm semihomologii genetycznej; Aplikacje algorytmów porównywania sekwencji układów biologicznych; Zmienność białek a model Markowa; Przegląd metod identyfikacji sekwencji kodujących w genomie; Praktyczna prezentacja podstawowych programów do analizy teoretycznej, przewidywania struktury drugorzędowej oraz modelowania białek. Program szczegółowy warsztatów: 1. Problem oszacowania stopnia istotności homologii porównywanych białek i sekwencji nukleotydowych (przegląd stosowanych metod): - podstawy analizy stopnia identyczności i podobieństwa sekwencji; - niezbędne kryteria, uwzględniane przy oszacowaniu istotności podobieństwa porównywanych sekwencji; - stopień identyczności, podobieństwo i homologia porównywanych sekwencji; - algorytm oszacowania istotności stopnia identyczności. Procent identyczności, a długość sekwencji. Program SSSS - jego przeznaczenie i obsługa; - dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż porównywanych łańcuchów, jako istotne kryterium analizy podobieństwa sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych; - sekwencje o niskim stopniu identyczności. Kryteria fizykochemiczne i genetyczne jako narzędzia wspomagające w oszacowaniu faktycznej relacji porównywanych sekwencji aminokwasowych; - porównanie analizy podobieństwa za pomocą matrycy unitarnej, prostego oszacowania procentowej identyczności, narzędzi z grupy BLAST oraz za pomocą programu SSSS. 2. Algorytm semihomologii genetycznej: - podstawowe założenia algorytmu i jego struktura; - trójwymiarowy diagram tanzycji/transwersji na poziomie nukleotydowym i aminokwasowym; - aplikacja dot-matrix i program SEMIHOM; - zastosowanie algorytmu semihomologii genetycznej do analizy porównawczej różnych rodzin białkowych; - możliwości aplikacyjne algorytmu semihomologii genetycznej i informacje uzyskiwane w wyniku jego zastosowania. 3. Aplikacje algorytmów porównywania sekwencji układów biologicznych - użyteczność, stosowalność, zgodność, ilość informacji możliwej do uzyskania. Statystyczna i niestatystyczna analiza porównawcza sekwencji białkowych - UM, GCM, MDM, PAM, BLOSUM, FASTA, BLAST, SEMIHOM: - rozwój algorytmów porównania teoretycznego sekwencji - rys historyczny; - charakterystyka podstawowych typów algorytmów - macierz unitarna (UM), macierz kodu genetycznego (GCM), algorytmy statystyczne i programy (ClustalW, Multalign, FASTA) oraz statystyczne matryce (PAM i BLOSUM); algorytm semihomologii genetycznej jako przykład niestatystycznego podejścia do analizy porównawczej sekwencji białkowych; - porównanie różnych algorytmów pod względem użyteczności, zgodności i możliwości aplikacyjnych. 4. Zmienność białek a model Markowa substytucji aminokwasów w białkach: - interpretacja wymiany mutacyjnej nukleotydów i aminokwasów jako odwzorowanie łańcuchów Markowa (w czasie mierzonym liczbą zachodzących zdarzeń); - zastępowanie aminokwasów na drodze pojedynczej tranzycji/translacji jest procesem niemarkowowskim - dowód teoretyczny i empiryczny; - przegląd stosowanych metod porównawczych sekwencji w świetle ich odwoływania się do markowowskiego procesu wymiany; konsekwencje zastosowania obu rodzajów podejścia. 5. Przegląd metod identyfikacji sekwencji kodujących w genomie: - metody oparte na wzorcowym DNA kodującym; - metody niewymagające wzorcowego kodującego DNA. 6. Praktyczna prezentacja podstawowych programów do analizy teoretycznej, przewidywania struktury drugorzędowej oraz modelowania białek. (Predict7, ProtSA, Antheprot, SSSS, GEISHA, Consensus Constructor). 
| |